Scene_Base — это прототип или класс для сцен, а не сама сцена.
Чтобы работать со сценой, нужно создать экземпляр этой сцены. (Причём экземпляры Scene_Base обычно не создают — вместо них создают экземпляры сцен-потомков. Т.к. Scene_Base сама по себе ничего не делает.) И уже у экземпляра вызывать isActive, если нужно.
Вообще говоря, экземпляр класса создаётся так:
var mySceneBase = new Scene_Base();
Но самому создавать сцены обычно не нужно (если только вы не пишите плагин типа «игра двух человек с разными клавишами за одним компом» или что-то такое, очень редкое и сложное). Ведь так мы создаём «сцену в вакууме», которую ещё нужно подключить к графике, вводу и т.п. Обычно нет смысла делать это вручную.
Обычно мы не создаём сцены сами, а поручаем это дело специальному классу — SceneManager. В отличие от Scene_Base, это статический класс, то есть он один на всю игру и у него есть свои функции (и прочие штуки).
SceneManager создаёт актуальную сцену и хранит её в своём свойстве SceneManager._scene (в теории знак _ перед названием свойства значит, что это свойство не стоит читать из внешнего кода; но в случае со SceneManager._scene этим можно пренебречь — слишком много плагинов, которые так делают).
SceneManager._scene — это экземпляр какой-то сцены, и уже у него можно вызывать какие-то функции сцены: например, SceneManager._scene.isActive()
(А чтобы проверить, какого типа сцена в SceneManager, можно использовать instanceof: проверка SceneManager._scene instanceof Scene_Map будет истинной, если активна сцена Scene_Map.)
