Давай ка разберем код что ты скинул
this.input_window_method = DKTools_Transfer_Window_Input;
Что тут происходит? Записываем несуществующую переменную в глобальный контекст - в window? Или в этом месте у тебя уже что-то лежит в DKTools_Transfer_Window_Input ? Если ничего нет, то плагин свалится прямо на этом месте и исполнение дальше не пойдет.
DKTools_Transfer_Window.prototype.createInputWindow = function() {
this.input_window = this.input_window_method.apply(this, arguments); // если добавить new, то вылетает, а без него просто виснет
this.addChild(this.input_window);
};
Записывали мы функцию в глобальный контекст, а вызываем теперь из объекта класса DKTools_Transfer_Window ?
DKTools_Transfer_Window_Input.prototype.initialize = function(x, y) { Window_Command.prototype.initialize.call(this, x, y);
};
А этот код ничего не делает, ты и так уже скопировал весь прототип у Window_Command, включая initialize.