1) Можно отключить их в настройках файла
options.rpy (скопировать весь кусок кода в конец файла, строки с ненужными "отключениями" потом можно убрать):
init -1:
layout.classic_preferences () #Это наше классическое меню настроек
config.has_transitions = False #Отключаем переходы ("транзакции")
config.has_afm = False #Отключаем автопрокрутку (хэндз-фри)
config.has_skipping = False #Отключаем пропуск текста
config.has_skip_after_choice = False #Отключаем пропуск после выбора
config.has_joystick = False #Отлючаем включение/выключение джойстика
Также там по умолчанию есть настройки ползунков громкости. Если заменить True на False, этот ползунок пропадет. Например, если нет озвучки и этот ползунок не нужен.
config.has_sound = True #Звук
config.has_music = True #Музыка
config.has_voice = True #Голос
2) Сам не делал, но есть
вот эта тема на Lemma Soft Forums. Там есть пример, как сделать анимированный курсор и ссылка на статью в англоязычном мануале
3) Если мешает один конкретный звук, проще сделать его тише в каком-нибудь звуковом редакторе
4) Можно сделать свое меню с помощью imagemap и сделать там отдельные кнопки на старт русской и английской версии игры. Так будет проще всего.
Еще есть русско-английская игра A Game, где автор сделал возможность переключать язык на лету - нажатием одной кнопки. Скрипт игры не зашифрован, на Lemma Soft Forums тема игры
здесь.
А я бы просто сделал две разные версии.